Il Consorzio di Bonifica della Conca di Agnano è stato costituito con R.D. 13 settembre 1934, registrato alla corte dei Conti addì 5 novembre 1934 Reg. 22, Fog.261.
A seguito dell’aggregazione dei territori dei bacini Flegrei disposta con decreto del Presidente della Giunta Regionale Campana n.764 del 13 novembre 2003 pubblicato dalla Giunta Regionale Campana n.58 del 29 dicembre 2003, è stata modificata la denominazione dell’Ente in “Consorzio di Bonifica della Conca di Agnano e dei Bacini Flegrei”.

Il Consorzio, ai sensi dell’art. 59 del R.D. 13.02.1933, n.215 e dell’art.9 della L.R. 06.06.2025, n.7 ha personalità giuridica pubblica e rientra nell’ambito degli enti pubblici economici.
Il vigente statuto è stato deliberato dal Consiglio dei Delegati nella seduta del 30 giugno 2009 ed approvato con Decreto Dirigenziale Regionale n.306 del 25 settembre 2009.