Le acque del lago di Agnano prima dell’intevento di bonifica avevano un’estensione di circa 924.000 mq una profondità compresa tra i 12 e i 15 metri con un livello di m.20 sul livello del mare.
Fin dall’epoca di Alfonso I d’Aragona si pensò di utilizzare il bacino diversamente e poiché nella zona si andava intensificando la coltivazione della canapa e del lino, si credette opportuno trasformarlo in macero. Il che contribuì ad intorbidire le sue acque ed ad inquinare l’ambiente circostante.

Fu deciso nel 1864 di prosciugarlo. I lavori ebbero inizio nel 1865 e terminarono nel 1870 con la costruzione dell’emissario in galleria lungo 2 km che attraverso il Monte Spina convogliò le acque di scarico nel mare occidentale di Bagnoli.

Il lago fu completamente prosciugato. A seguito di tale opera comparvero sul fondo del lago numerose sorgenti termominerali con virtù terapeutiche eccezionali ben note dall’antichità.

In una prima fase quindi la bonifica ebbe come finalità il risanamento igienico ed idraulico del territorio. Infatti alla costruzione del citato emissario seguì quella di una grossa vasca centrale al bacino nella quale attraverso un raggiera di canali colatori si provvide a far defluire le acque reflue del comprensorio.
Nella parte più depressa invece fu attuata una bonifica per colmata.
Per migliorare le condizioni ambientali nell’intero comprensorio già in gran parte risanato dalla bonifica ottocentesca furono successivamente realizzate una serie di opere complementari (ulteriori vasche e canali).

Si giunse così al 1934 quando con Decreto Regio n°4984 si costituisce sugli 845,16 ettari del bacino idrografico il “Consorzio di Bonifica della Conca di Agnano” classificato di bonifica integrale.
A seguito dell’aggregazione dei territori dei Bacini Flegrei disposta con decreto del Presidente della Giunta Regionale Campania n°764 del 13 novembre 2003 pubblicato sul Bollettino Ufficiale della Regione Campania n°58 del 9 dicembre 2003, emesso in applicazione alla L.R. n.4/2003, il comprensorio consortile è stato ampliato ad ha 5.594, modificando così anche la denominazione dell’Ente in “Consorzio di Bonifica della Conca di Agnano e dei Bacini Flegrei”.